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Oomyceten – zu denen die überwiegend saprobiontischen Wasserschimmel ebenso zählen wie die meist bodenbürtigen Pathogene der Gattungen Pythium und Phytophthora, die Weißroste und die Falschen Mehltaupilze – stellen eine eigenständige Lebensform mit einer außergewöhnlichen phylogenetischen Entwicklung dar. Unter ihnen gibt es zahlreiche Vertreter, die sich auf parasitische Lebensweise an Samenpflanzen spezialisiert haben und damit weltweit zu den wirtschaftlich bedeutendsten Schaderregern in der Landwirtschaft zählen. Ihre Biologie ist komplex und weist zahlreiche Anpassungen auf, die bei pathogenen Arten in Koevolution mit ihren Wirten besondere Spezialisierungen erfahren haben. Die biotrophe Lebensweise erschwert die Untersuchung vieler Taxa und stellt eine besondere Herausforderung für die Klärung taxonomischer, physiologischer und ökologischer Fragen dar. Das Fachgebiet Biodiversität und pflanzliche Interaktion am Institut für Botanik der Universität Hohenheim beschäftigt sich seit langem mit Erregern des Falschen Mehltaus an wichtigen Kulturpflanzen wie Sonnenblume, Wein oder Tabak. Dabei wurden insbesondere Kultivierungsverfahren entwickelt, die eine detaillierte Untersuchung biologisch relevanter Fragestellungen mit Hilfe mikroskopischer, physiologischer und molekulargenetischer Verfahren erst ermöglichen. Im Rahmen dieser Arbeiten wurden zahlreiche neue Arten identifiziert, unterschiedliche Formen der sexuellen und asexuellen Vermehrung aufgeklärt und Infektions- sowie Resistenzmechanismen analysiert. Die Erkenntnisse dieser Forschungsarbeiten sind die Grundlage für die Klärung evolutiver Zusammenhänge und dienen der Entwicklung von effektiven Maßnahmen im Pflanzenschutz.

Der Volksschullehrer Julius Hauck (1875-1966) hielt es während des 1. Weltkriegs für seine vaterländische Pflicht, der hungernden Bevölkerung eine neue, bisher meist misstrauisch betrachtete Nahrungsquelle zu erschließen, nämlich die Pilze. Dazu war er bereit, sein ganzes pilzkundliches Wissen einzubringen. Diese Aktivitäten wurden recherchiert und dokumentiert. Er veranstaltete in Eberbach am Neckar eine Aufklärungskampagne mit Vorträgen, Ausstellungen, Wanderungen und Beratungen. Um den Teilnehmern die Vertiefung der erworbenen Kenntnisse zu ermöglichen, schrieb er in den Jahren 1916-1917 mehrere populärwissenschaftliche Büchlein. Seine Schriften enthalten wenig Eigenständiges; er exzerpierte im Wesentlichen verbreitete populärwissenschaftliche Werke seiner Zeit. So verfiel auch er, wie einige der von ihm zitierten Autoren, dem Irrtum, dass der Pantherpilz ein guter Speisepilz sei. Diese falsche Angabe geht vermutlich auf die fehlerhafte Abbildung des Pilzes durch J. Ch. Schaeffer zurück. Hierauf wird im Detail eingegangen.

2003 wurde mit der Einstellung eines Kustoden für Pilze auch mit dem Aufbau einer Pilzsammlung (nichtlichenisierte Pilze) am Staatlichen Museum für Naturkunde Karlsruhe begonnen. Die Sammlung umfasst derzeit 45.600 Belege, davon gut 27.000 in einer Datenbank erfasst (Stand 2011). Schwerpunkt der Sammlungen sind Baden-Württemberg (alle taxonomischen Gruppen) und Rostpilze (Nordhemisphäre). Die Bedeutung der Sammlungen wird durch eine recht hohe Ausleihfrequenz und zahlreiche Forschungsprojekte (klassische Morphologie und Taxonomie, molekulare Taxonomie und Phylogenie, Ökologie), die an diese Sammlung geknüpft sind, dokumentiert. Günstig ist, dass ein Großteil der Belege noch „jung“ ist und sich deshalb für DNS-Sequenzanalysen eignet.

In einem mykologischen Gutachten wurde das Auftreten gefährdeter Wiesenpilze, insbesondere von Saftlingen (Hygrocybe), als Argument verwendet, um die Lokalität bei der Planung von Bauvorhaben in Deggendorf (Bayern) zu schonen.

Rostpilze stellen eine der bedeutendsten Gruppen von Pflanzenpathogenen dar. Verschiedene Vertreter dieser Ordnung verursachen jedes Jahr weltweit große Schäden an wichtigen Kulturpflanzen wie Weizen oder Soja. Wie die Echten und die Falschen Mehltaupilze sind Rostpilze obligat biotrophe Parasiten. Dies bedeutet, dass sie zur Vollendung ihres Lebenszyklus auf einen lebenden Wirt angewiesen sind. Eines der wesentlichen Merkmale dieser besonderen Lebensweise ist die Entwicklung von speziell differenzierten Hyphen, sogenannten Haustorien. Hierbei handelt es sich um hochspezialisierte Strukturen, welche in die Pflanzenzelle eingesenkt werden und dem Pilz die Aufnahme von Nährstoffen und die Unterdrückung pflanzlicher Abwehrmaßnahmen durch die Sekretion sogenannter Effektorproteine ermöglichen. Das Fachgebiet Phytopathologie am Institut für Phytomedizin der Universität Hohenheim beschäftigt sich unter anderem mit der Identifzierung und Charakterisierung der molekularen Vorgänge in diesen Haustorien. Der Schwerpunkt liegt dabei auf den molekularen Aspekten der Nährstoffaufnahme und -verstoffwechselung, der Identifkation neuer Effektorproteine und der Entwicklung neuer Methoden zur Charakterisierung dieser Gruppe von Pathogenen. Die dabei gewonnenen Erkenntnisse sollen nicht nur ein tieferes Verständnis der molekularen Aspekte der obligat biotrophen Parasit-Wirt-Interaktion ermöglichen, sondern längerfristig auch Verwendung in der Entwicklung neuer Ansätze für den Pflanzenschutz finden.