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Das Max Rubner-Institut befasst sich, neben anderen Aufgaben, mit dem Thema der Lebensmittelsicherheit. Chemische und mikrobielle Kontaminationen in Lebensmitteln werden wissenschaftlich bearbeitet. Die Kontamination durch Pilze stellt für gewisse Lebensmittel, insbesondere für pflanzliche Lebensmittel wie Obst und Gemüse, ein besonderes Problem dar, namentlich durch Bildung von Mykotoxinen. Im Max Rubner-Institut wird versucht, die molekularen Hintergründe der Mykotoxinbildung, die unter anderem stark durch die Bedingungen im Lebensmittel beeinfusst werden, aufzuklären und zu verstehen. Ziel dieses Ansatzes ist die Entwicklung von Methoden, die die Kontamination der Lebensmittel durch Pilze verhindern bzw. die Bildung von Mykotoxinen vermeiden können. In diesem Zusammenhang werden besonders Arten der Gattungen Penicillium, Aspergillus, Fusarium und Alternaria bearbeitet.