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Die erste staatliche Naturschutzbehörde in Baden entstand 1927, die „Landes-Naturschutzstelle“ in Karlsruhe. Sie war von Anbeginn auf das Engste mit den Badischen Landessammlungen für Naturkunde in Karlsruhe verbunden: Bis 1938 war sie der Zoologischen Abteilung der Badischen Landessammlungen angegliedert. Deren Vorstand leitete gleichzeitig die
Naturschutzstelle. In der Folge, bis 1958, leitete jeweils der hauptberufliche Leiter des Naturkundemuseums kommissarisch die inzwischen als „Badische Landesstelle für Naturschutz und Landschaftspflege (Nordbaden)“ bezeichnete Institution. Von 1949 bis 1972 war die Dienststelle zudem im Hauptgebäude der Landessammlungen für Naturkunde untergebracht, in der Erbprinzenstraße 13 in Karlsruhe. Ab 1958 gab es einen eigenen Leiter der nun „Bezirksstelle für Naturschutz und Landschaftspflege Nordbaden“ genannten Behörde. Nach der Gemeinde- und Kreisreform erhielt sie die bis heute gültige Bezeichnung „Bezirksstelle für Naturschutz und Landschaftspflege (BNL) Karlsruhe“. Ab 1973 bezog die Dienststelle eigene Räume (ausführlich bei Wolf 1997). Eingriffe in Natur und Landschaft zu verhindern oder zumindest zu mildern war in all den Jahren und ist bis heute eine wesentliche Aufgabe dieser Behörde. Trotzdem war es von Anbeginn den Mitarbeitern ein zentrales Anliegen, Schutzgebiete abzugrenzen, zu würdigen und verordnen zu lassen und die Öffentlichkeit über den Wert von Natur und Landschaft aufzuklären. Die Aufgaben der Naturkundemuseen und die Aufgaben der Fachbehörden der Naturschutzverwaltung gingen und gehen bis heute in weiten Teilen Hand in Hand (soweit rezente Organismen der heimischen Lebenswelt betroffen sind): Sammeln, Forschen und Bildung sind die drei Säulen der Museumsarbeit. Bewahren, Fördern und Informieren umspannen die Naturschutzarbeit.
Die Ursprünge der heutigen Schausammlung sowie der wissenschaftlichen Sammlung des Staatlichen Museums für Naturkunde Karlsruhe liegen im Naturalienkabinett der Markgräfin Caroline Louise von Baden (1723-1783). Die Fürstin fand bei ihrem Einzug nach Karlsruhe eine kleine Sammlung von Conchylien vor, die auf den jung verstorbenen Schwiegervater,
den Erbprinzen Friedrich (1708-1732) zurückzuführen war. Caroline beschäftigte sich ab 1763 intensiv mit dem Naturalienkabinett und vergrößerte die Sammlungen. Nach ihrem Tode wurden die inzwischen wissenschaftlich bedeutenden Sammlungen aus den Privatgemächern in das Hofapothekengebäude transportiert und 1785 unter Aufsicht des Wissenschaftlers Carl Christian Gmelin gestellt. Er ordnete und beschriftete die Objekte und richtete das ein, was
heute als Schausammlung oder Ausstellung bezeichnet wird. Diese Schausammlung konnte anfangs nur nach Anmeldung von Gästen des Hofes, Reisenden und Bürgern besichtigt werden, bis der Großherzog regelmäßige Öffnungszeiten verfügte. Im Jahr 1837 starb Gmelin und der Botaniker Braun wurde zu seinem Nachfolger ernannt. Er stellte die Sammlung neu
auf und erweiterte sie, wobei sein Augenmerk auf Vögeln und Säugetieren lag. Das Hauptanliegen seines Nachfolgers Moritz Seubert (Amtsantritt 1846) war die Vergrößerung der Insektensammlung, der Vogel- und der Vogeleiersammlung.